1

ORFinder

ORFfinder用于分析查找序列中的ORF区 (open reading frame，开放阅读框)。ORFfinder使用标准的或其它特殊的遗传密码子查找序列中所有可能的ORF区，并推导出相应的氨基酸序列。

工具链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

在线版本的ORFfinder可提交最长50kb的序列，当然也可以下载Linux本地版本，这样就没有序列长度的限制。这里以家鼠的AQP1序列（NM_007472.2）为例，将最小的ORF长度设为75nt，仅使用“ATG”作为起始密码，然后点Submit按钮。

结果如下，共找到24个ORF，其中ORF1 (193~1002) 序列（810nt）最长。在NCBI搜索AQP1序列（NM_007472.2），可简单验证下ORF的查找结果。

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2

Softberry

Softberry包含数百个实用的在线分析小工具，其中，大家比较熟悉的FGENESH是一款较为准确的真核基因预测工具。

工具链接：

http://www.softberry.com/berry.phtml

软件的用法很简单，将DNA序列复制粘贴到序列输入框，或者点击上 “选择文件”按钮，上传DNA序列文件，然后搜索并选择核酸序列所对应的物种，比如我这里的范例文件是人的序列，然后点击“search”按钮提交任务即可。

提交任务数秒后会得到预测结果，如下图，从结果中我们可以看出从提交的序列（74293bp）中共找到3个基因，正链2个，负链1个；找到外显子18个，正链16个，负链2个。

点击“Show picture of predicted genes in PDF file”，以PDF格式打开预测结果，点击下载按钮可将pdf报告下载到本地。图中的TSS为转录起始位点（tranion start site），CDSf为起始外显子（First-Starting with Start codon），CDSi为中间外显子（internal exon），CDSl为末端外显子（last coding segment），CDSo为唯一外显子（only exon），PolA为末端polyA 尾区。

3

GeneWise

使用GeneWise可基于同源蛋白进行基因预测。我们只需依次上传蛋白序列和目标DNA序列，点击Submit按钮进行Pairwise Sequence Alignment即可。

工具链接：

https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/genewise/

4

Prompter 2.0

Promoter 2.0主要用于预测脊椎动物DNA序列中Pol II（RNA聚合酶Ⅱ）启动子的转录起始位点（启动子）。它基于神经网络和遗传算法，模拟转录因子与启动子区序列相互作用的过程。

工具链接：

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?Promoter-2.0

5

IBS

IBS (illustrator for biological sequence)是一个绘制基因蛋白序列结构示意图的在线工具，个人建议，如果不知道如何动手绘制的时候，可参考示例文件的样式进行绘制。

工具网址：

http://ibs.biocuckoo.org/

6

SMART

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool)，它是一个用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具。它的数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步，且人工注释的蛋白结构域超过1300个。

工具网址：

http://smart.embl-heidelberg.de/

SMART有两种模式：normal和genomic。主要区别是二者底层使用的数据库的不同，前者是冗余的，而后者只使用完成基因组测序的蛋白组数据。两种模式的颜色不同，而界面相似，通过单击相应模式可进行切换，比如进入genomic模式是这样的：

通过输入Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列查找蛋白的结构域。点Sequence SMART按钮即可提交任务，大约10秒后即可得到下图的预测结果，网页的结构图是交互式的，还可保存为svg格式的矢量图。

好啦，本次的实用在线工具就分享到这里啦！

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